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=== 晚年 ===
由于山县的元老身份，天皇任命新的首相之前，都必须询问山县等人的意见，山县通过这个办法，提名了众多自己派系的政客。

1906年10月，以元老身份向明治天皇上奏了《帝国国防方针案》，提出了日俄战争的日本国防构想。天皇要求参谋本部和海军军令部进行讨。两部在讨论后再次上奏，天皇还要求自己的最高军事顾问组织元帅府进行讨论，1907年4月19日，元帅府会议将下达的《日本帝国之国防方针》《国防需要之兵力》《帝国军队之用兵纲领》全部认定为“至当之策”，并上奏。由此再次确认了天皇作为最高统帅的军事方针，同时再次确保政府无权干预日本的军事指挥权。

第一次世界大战爆发后，山县支持日本参战，并要求日本扩军两个师团，此后还支持日本的对华不平等《二十一条》。在十月革命发生后，山县也支持日本向远东派兵，干涉苏俄内战。

1920年夏天，日本皇太子裕仁（后来的[[昭和天皇]]）正在筹备自己的婚事，原本已经内定了久迩宫良子女王作为裕仁的太子妃。但因为山县得知良子有色觉异常，山县作为军人不能接受色觉异常之人，强烈反对这门婚事。虽然裕仁后来和良子正常结婚，但山县和皇室也因此埋下了不和的种子，此后山县被闲置。

1921年11月4日，时任日本首相原敬被刺杀，山县因为伤心过度加上前日身体出现发热症状，导致身体状况瞬间极度恶化。尽管后来一时恢复了健康，但还是因肺炎和支气管扩张导致身体急剧恶化，于1922年2月1日13时30分去世于小田原的私邸古稀庵，享年85岁（虚岁，满算83岁）<ref>[https://da.lib.kobe-u.ac.jp/da/np/0100297252/?lang=0&mode=0&opkey=R173113699534559&idx=2&chk_schema=20000&codeno=&fc_val=&chk_st=0&check=00000000000000000000 山縣有朋公薨去 : 二月一日午後一時三十分].大阪朝日新闻，1922年2月2日</ref>。后于2月9日在日比谷公园为其举行了国葬。<ref name=图书馆/>