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1919年3月至4月，在白军组织攻势发动1919年3月，在白军组织攻势发动[[第一次乌拉尔战役乌拉尔战役]]后，第5集团军退守至[[布古利马]]—[[布古鲁斯兰]]一线。 1919年5月，在红军开始组织反攻，发动了[[第二次乌拉尔战役]]后，该集团军解放了一线。5月，在红军开始转入反攻，第5集团军在此期间解放了[[兹拉托乌斯特]]。

1919年8月至11月，该集团军协同[[第3集团军（苏俄）|第3集团军]]发动[[彼得罗巴甫洛夫斯克战役]]并于10月31日解放了[[彼得罗巴甫洛夫斯克]]。之后，继续追击白军鄂木斯克集团，解放了。之后，在[[西伯利亚战役]]中继续追击西伯利亚白军残党，解放了[[鄂木斯克]]（11月14日）、[[托木斯克]]（12月20日）。同一年，第5集团军因战功显赫被授予了（12月20日）、[[红旗勋章克拉斯诺亚尔斯克]]。 1920年1月7日，第5集团军解放了（次年1月7日）等城市。同一年，第5集团军因战功显赫被授予了[[克拉斯诺亚尔斯克红旗勋章]]。