1919年10月,任[[第8集团军(苏俄)|第8集团军]]司令员。虽然索科利尼科夫没有担任过军事指挥员,缺少军事经验,但他利用组织能力很好地发起反攻,击败了[[邓尼金]]地军队并解放了[[沃罗涅日]]。随后,他又指挥部队进行了战略机动,攻克了[[新罗西斯克]],为彻底击败[[南俄武装力量]]发挥了巨大作用。
1920年9月,任俄共(布)中央突厥斯坦局主席、全俄中央执行委员会与苏俄人民委员会突厥斯坦委员会主席、土耳其斯坦方面军司令员。他领导在突厥斯坦建立苏维埃政权,打击“1920年9月,任俄共(布)中央突厥斯坦局主席、全俄中央执行委员会与苏俄人民委员会突厥斯坦委员会主席,兼任[[突厥斯坦方面军]]司令员。他领导在突厥斯坦建立苏维埃政权,打击“[[巴斯玛奇]]”反苏分裂武装并且在突厥斯坦完成了货币改革,采取恩威并施,释放了忠于布尔什维克的伊斯兰神职人员。
1921年3月,因为身体抱恙前往[[德国]]养病。