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2010年9月20日，南部军区根据[[俄罗斯联邦总统]]第1144号总统令设立，该军区由[[北高加索军区]]、[[黑海舰队]]、[[里海区舰队]]、[[第4航空与防空司令部]]合并而成，军区辖区包括[[阿迪格共和国]]、[[达吉斯坦共和国]]、[[印古什共和国]]、[[卡巴尔达-巴尔卡尔共和国]]、[[卡尔梅克共和国]]、[[卡拉恰伊-切尔克斯共和国]]、[[克里米亚共和国克里木共和国]]、[[北奥塞梯-阿兰共和国]]、[[车臣共和国]]、[[克拉斯诺达尔边疆区]]、[[斯塔夫罗波尔边疆区]]、[[阿斯特拉罕州]]、[[伏尔加格勒州]]、[[罗斯托夫州]]和[[塞瓦斯托波尔市]]。另外，南部军区还负责管理位于[[南奥塞梯]]、[[阿布哈兹]]和[[亚美尼亚]]的俄军军事基地。