1941年11月中旬,他从开展以来总共参加了190架次任务,其中主要任务是攻击敌方地面目标,先后参加了[[摩尔达维亚战役]]、[[蒂拉斯波尔—梅利托波尔战役]]、[[第一次顿巴斯战役]]和[[罗斯托夫战役]]。截至12月,他个人击落了两架德国飞机,参与团队击落一架。
1942年8月,升任近卫第16战斗机航空团中队长,之后随团到后方休整,掌握了[[Як-1]]、[[P-39空中眼镜蛇]]等战斗机的驾驶技巧。期间,由于他与新任团长[[尼·瓦·伊萨耶夫]]的关系十分紧张,因此波克雷什金在此期间被团长免职并开除党籍,但在上级指挥员和团政委的干预下,他本人随后被恢复了军职和党员身份。同一年,他参加了[[第二次顿巴斯战役顿巴斯战役(1942)]]和[[高加索战役]],个人击落德军战机1架,团队击落敌机1架。
1943年1月,他随部队前往[[伊朗]]接收新式装备。同年4月8日,返回前线并驾驶P-39战斗机参加了[[库班空战]],在第二天他便击落了一架[[Bf.109]]。同月,他在库班空战中取得了个人击落10架德国飞机的战绩。在空战中,他大胆尝试了“高速摆动”“库班梯队”等新式战术,从而有效打击了德国空军。次月24日,他因战役中的出色表现被[[苏联最高苏维埃主席团]]授予[[苏联英雄]]称号。
1943年5月至6月,他又取得了击落敌机14架的战果。而在整个库班空战的过程中,他就取得了个人击落敌机22架的战果,而他所指挥的中队更是战果丰硕。此后,他还参加了[[米乌斯河战役]]、[[第三次顿巴斯战役顿巴斯战役(1943)]]、[[梅利托波尔战役]]等。
1943年8月24日,他被第二次授予苏联英雄称号。