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1987年5月起，尉健行同志任监察部部长、党组书记。他按照党中央和全国人大常务委员会的决定，恢复组建了监察部和地方各级监察机关。他团结带领部领导班子解放思想、实事求是、大胆探索、勇于实践，把行政监察工作纳入党和国家工作大局。他提出坚持以廉政监察为重点、全面开展监察工作的方针，要求将反腐败斗争作为中心任务，着重查办一批大案要案，为监察工作发展明确了思路、奠定了基础。在1989年春夏之交的政治风波中，他坚决拥护党中央的重大决策部署，表现出坚强党性和组织纪律性，经受住了严峻考验。<ref name="尉健行同志生平" />

1993年至1997年，尉健行同志任中共中央政治局委员、中央书记处书记，中央纪律检查委员会书记，中央党的建设工作领导小组副组长，中华全国总工会主席。1995年4月至1997年8月兼任中共北京市委书记。他坚持把维护党中央权威作为首要任务，强调全党服从中央，严格执行政治纪律，加强组织纪律性。他坚定不移执行“两手抓、两手都要硬”方针，从关系党的生死存亡和改革开放成败高度，认真处理好反腐败与改革发展稳定的关系。他提出反腐败斗争要与时俱进，既要有战略上的总体考虑，又要有阶段性的具体部署。针对社会主义市场经济条件下党风廉政建设和反腐败斗争特点及面临的突出问题，坚持对领导干部廉洁自律、查办违纪违法案件、纠正部门和行业不正之风三项工作一起抓，系统作出“三项工作格局”部署，筑牢思想道德和党纪国法两道防线。他积极探索“党委统一领导，党政齐抓共管，主要领导亲自抓，纪委组织协调，部门各负其责，依靠群众支持和参与”的反腐败领导体制和工作机制，研究制定“标本兼治、综合治理，逐步加大从源头防治腐败的力度”的工作思路和方针，对党风廉政建设起到了极大推动作用，为各项改革措施落实，为经济持续快速健康发展，为保障政治、社会稳定作出重要贡献。在兼任中共北京市委书记期间，他讲政治、顾大局，团结带领市委一班人克服困难，坚决贯彻执行党中央决策部署，保证了首都经济、政治、文化、社会各项事业在改革中不断向前发展。他还亲自督促检查北京市党风廉政建设和反腐败工作落实，倾注了大量心血，取得显著成效。<ref name="尉健行同志生平" />