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日俄战争爆发后，日本以保护朝鲜半岛为借口，派出一支部队长期驻扎于朝鲜半岛。并使用韩国驻扎军（'''韓国駐箚軍'''／'''かんこくちゅうさつぐん'''）的番号称呼之。1904年3月20日，该军司令部和所属部队组建完成，并于同年4月3日抵达汉城。该军于8月扩充了编制。除了为日俄战争提供后勤支援外，他们还修建了铁路，并向当地居民实施有关电报、铁路和弹药的军事法规。同时，把日军的电信、铁路、军需品等军规强加于当地普通居民。这些军规在日俄战争结束后依然使用，直到日韩合并后才被废除。另外，在韩国驻扎军中，担任警察的有韩国驻扎宪兵队。虽然日本驻朝鲜半岛的临时宪兵队早在1896年就已成立，但韩国驻扎军的宪兵不仅以保护电信线、铁路为目的分驻各地，除担任军事警察外还兼任普通警察，对朝鲜人的抗日活动进行监视和镇压。此外，韩国统监有权调动驻军和宪兵队，这也是日本仅有的由驻外文官可以指挥军队的实例。

司令部起初驻扎于汉城城内，1908年10月1日迁移至汉城郊外的龙山。